北京當局於週五（6月21日）發布《關於依法懲治「台獨」頑固分子分裂國家、煽動分裂國家犯罪的意見》，相關法規即日起實施，最高可被判處死刑。該法案引發兩岸關注，海基會也在週六（22日）回應，稱此舉不利兩岸發展。
新上任的海基會董事長鄭文燦在被問到有關這項法案的問題時表示，台灣是自由民主社會，民眾擁有充分的言論自由，並獲得法律保障，這是陸方難以想像的，而陸方單方面的宣布將對兩岸關係發展帶來不利影響。
鄭文燦續指，他期盼兩岸能回到穩定的軌道，能相互對話、交流和堆疊善意，任何不能夠促進兩岸往好方向發展的事情都應該避免。
台灣陸委會此前也表示，北京當局對台完全不具司法管轄權，中共所謂的法律與規範對我國人毫無拘束力，因此呼籲國人安心，勿受中共的威脅與恫嚇。
台灣藍綠兩黨都北京當局公布的法案抱持不贊同的立場。國民黨黨主席朱立倫表示，任何敵意螺旋造成的衝突成本實在太高了，希望雙邊相互節制，希望用對話來取代對抗。民進黨秘書長林右昌則痛批， 依國台辦邏輯，中華民國所有的國民投票選自己的總統都是台獨分子，直言該行為「非常荒謬」。
不過，馬英九基金會執行長蕭旭岑則表示，民進黨籍總統賴清德應改變「新兩國論」台獨路線，回歸憲法「一中原則」，重建兩岸互信，回到兩岸共同政治的基礎「九二共識」。
